病理科醫生很難單靠顯微鏡作出診斷，有時候也會用到一些輔助工具，幫助診斷一些複雜的個案，例如一些樣子長得奇怪，令我們不能單靠樣貌分辨的細胞。
其中一種好工具就是免疫組織化學染色（immunohistochemical staining）。原來細胞的樣子無論長成怎樣，它總帶有一些抗原，作為特別的身分記認。
免疫組織化學染色劑其實是一種可呈色的抗體，它可以與特定的抗原結合。只要我們在顯微鏡下觀察細胞有沒有上色，記可以知道它有沒有特定的抗原，從而認出細胞的真正身分。
如下圖是病人的骨髓組織，圖上的細胞樣子很奇怪，有幾粒很大的細胞，有幾個細胞核，有點像巨核細胞（megakaryocyte），但又似乎不是。圖下用了免疫組織化學染色法為CD138上色，CD138是漿細胞（plasma cell）的標記。這些細胞都上了色，所以細胞都有CD138抗原。原來這些奇怪的細胞是漿細胞，病人得的是多發性骨髓瘤（multiple myeloma）。
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